Los propios asesores técnicos del organismo ambiental brasileño, IBAMA, llegaron a desalentar la construcción de las centrales hidroeléctricas, debido a los altos impactos que causarían en las especies de peces migratorios, en particular los grandes bagres. Pero el propio gobierno de Lula hizo caso omiso de los análisis de sus técnicos y siguió adelante.

Como medida de mitigación, las dos plantas implementaron sistemas de transposición de peces. En teoría, esto aseguraría que las especies migratorias pudieran seguir transitando las aguas del Madeira. Sin embargo, ninguno de estos sistemas fue diseñado para satisfacer el flujo de los mamíferos acuáticos, como los bufeos.

Así lo alertó un artículo publicado en enero de 2014 en la revista académica Conservation Genetics, en el cual investigadores de la Universidad Federal de Amazonas y del Instituto Nacional de Investigaciones Amazónicas (INPA) afirmaron que, "recientemente se han construido dos presas en la región de los rápidos; ninguna de ellas tiene un mecanismo para mantener la conectividad entre las regiones situadas aguas arriba y aguas abajo, y junto con los cambios antropogénicos en el régimen hidrodinámico y la ecología fluvial probablemente tendrán graves consecuencias a largo y corto plazo para I. boliviensis y otros taxones acuáticos".

Y las "graves consecuencias" que alertaron los científicos de la Universidad Federal de Amazonas y del INPA, fueron también señaladas por los investigadores del Instituto Mamirauá y la WWF de Brasil, luego de revisar las opiniones y notas técnicas del Ibama durante y después del licenciamiento ambiental de las dos presas. Y fue así que estos investigadores revelaron que hoy en día hay una población de unos 50 a 100 bufeos atrapados entre Jirau y Santo Antônio.

Aunque en un principio, a lo largo del año 2012, cuando las distribuciones geográficas de Inia boliviensis y de Inia geoffrensis no eran bien conocidas, la represa Jirau indicó que la construcción de la presa facilitaría inclusive un contacto más intenso entre ambas especies, algo que ocurriría con la inundación de las barreras naturales que los separaban, es decir, las cascadas y los rápidos. En otras palabras, el milenario aislamiento de Inia boliviensis terminaría por la fuerza.

Incluso, en los estudios genéticos realizados por Jirau durante el 2012, demostraron que antes del cierre de las compuertas ya se observaba individuos de Inia boliviensis aguas arriba y aguas abajo de cinco grandes cascadas, lo que indicaría, por tanto, que la presa no representaría barreras insuperables. Así pues, en ese momento se consideró que no era necesario adoptar medidas de mitigación.

Sin embargo, un dictamen técnico de 2018, elaborado por la propia empresa concesionaria de Jirau, Energia Sustentável do Brasil (ESBR), confirmó que la represa promovió el aislamiento de las poblaciones de Inia boliviensis justo aguas arriba. Y por primera vez se señaló que, "se solicita a la ESBR que incluya en el proyecto ejecutivo de conservación de la fauna que se presentará al IBAMA, acciones de compensación ambiental relacionadas con esta población de cetáceos aislada entre las dos presas."